1998年，汤姆·汉克斯和加里·高兹曼成立了Playtone制作公司，并先后通过HBO有线电视网为观众带来了《兄弟连》、《约翰·亚当斯》和《太平洋战争》等剧集   。

1999年，他参演了由导演斯皮尔博格执导的影片《拯救大兵瑞恩》，饰演米勒上尉，并凭借在片中的表演获得第71届奥斯卡最佳男主角提名奖   ；同年主演电影《绿里奇迹》   。

2001年，汤姆·汉克斯获美国电影学院颁发的终身成就奖   。

2006年，由汤姆·汉克斯主演、朗·霍华德执导的《达·芬奇密码》在全球获得7.6亿美元的票房   。

2009年5月15日，他主演的《天使与魔鬼》在美国等地上映   。同年8月，汤姆·汉克斯当选美国电影艺术与科学学院副主席，任期为四年   。

2010年3月14日，他导演的电视剧《血战太平洋》在HBO首播   。10月12日，汤姆·汉克斯和他的搭档加里·高兹曼将获得美国制片人工会（PGA）颁发的诺曼利尔成就大奖   。同年加盟《是非之地》   。

2014年8月19日，汤姆·汉克斯开发出了一款在苹果iTunes应用商店中的iPad应用程序，应用程序名为Hanx Writer   ，27日，主演电影《地狱》被搬上银幕，汤姆·汉克斯再次出演主人翁罗伯特·兰登   。同年，他凭借在《菲利普斯船长》中的表演再次获得美国金球奖剧情类最佳男主角提名   。并出演冷战题材谍战悬疑片和《圆圈》   。

2016年4月22日，主演的电影《国王的全息图》在美国上映   。9月9日，汤姆·汉克斯主演《萨利机长》北美上映   ，首周末票房为3550万美元，获得周末票房冠军   。10月28日，主演的电影《但丁密码》在美国与中国同步上映，该片由美国哥伦比亚影片公司出品，中国电影集团公司引进，中国电影股份有限公司及华夏电影发行有限责任公司联合发行 。11月25日，汤姆·汉克斯获颁总统自由勋章   。

2017年1月19日，汤姆-汉克斯获得第43届人民选择奖最受喜爱剧情电影男演员   。4月28日，主演的科幻惊悚电影《圆圈》在美国上映   ；10月24日，汤姆·汉克斯创作的第一本小说《Uncommon Type: Some Stories》出版   ；11月29日，凭借《华盛顿邮报》获得第89届美国国家评论协会奖最佳男主角奖   。同年出演影片《华盛顿邮报》《世界新闻》、《一个叫欧维的男人决定去死》、《Bios》、《灰猎犬号》

2018年1月30日，出演《你是我的朋友》，饰演罗杰斯先生   ；

2019年9月，汤姆·汉克斯将被授予第77届金球奖的终身成就奖。   同年出演未定名“猫王”埃尔维斯·普雷斯利的传记片   。

2020年7月20日，汤姆·汉克斯主演战争电影《灰猎犬号》在美国上映，汤姆在片中饰演灰猎犬号指挥官欧内斯特·克劳斯   ,12月25日，汤姆·汉克斯主演西部电影《世界新闻》在美国上映，汉克斯在片中饰演退伍老兵

2021年11月，主演科幻电影《芬奇》，饰演机器人工程师芬奇   。同年出演韦斯·安德森执导&编剧的未定名新片